Le Marais poitevin (97 850 ha de zones humides dont environ 63 800 ha sur la partie vendéenne) est structuré autour de grands axes hydrauliques (Lay, Vendée, Jeune et Vieille Autize, Sèvre Niortaise, Courance, Mignon, Curé) et d’entités spatiales à différentes degrés d’hydromorphie.

On distingue ainsi :


 les marais inondables, « marais mouillés », et vallées fluviales (environ 32 300 ha) reposant principalement sur des sols de bris, argilo-humifères et tourbeux ; paysage de bocage aux parcelles hétérogènes avec des alignements simples (frênes taillés en têtard) ou doubles (frênes têtard et peupliers). Les vallées présentent des prairies inondables (dépressions humides et chenaux appelés « baisses ») ;

 les marais desséchés, dont les polders (46 800 ha) et les marais intermédiaires (18 800 ha) : sols argileux (anciennes vases marines), voués à céréaliculture et à l’élevage, paysage ouvert (tamaris). Les polders sont situés dans la baie de l’Aiguillon et sont utilisés en culture intensive en raison de leur potentiel agronomique.

On ajoute les « terres hautes », îlots calcaires de 4 670 ha et enfin le milieu maritime (9 650 ha) constitué d’herbus, de vasières et de dunes.

Situés sur l’un des principaux couloirs de migration, le Marais poitevin représente un des tous premiers sites d’hivernage et de halte migratoire des oiseaux d’eau en France. On note une grande complémentarité entre les prairies humides et les vasières de la baie de l’Aiguillon comme par exemple pour les limicoles au printemps (cycle de reproduction sur les prairies humides). D’autres espèces, comme les batraciens patrimoniaux (Triton marbré) et autres Pélodytes occupent les baisses et les abreuvoirs.